مجلس الكنائس العالمي والكنائس الأعضاء ورعيتهم وأعضاءهم، مع المجموعات والبرامج الفرعية للمجلس، هي واحدة من الشركاء الرئيسيين والفئات المستهدفة الرئيسية لمبادرة الدفاع المشتركة.
ويدعو المجلس وينظم العديد من البرامج والمبادرات سنوياً، ويصدر نداءات وبيانات عن القضية الفلسطينية وحقوق الفلسطينيين.